Prima delle conquiste turche, la città di Mostar aveva diverse chiese cattoliche romane di cui l'ultima, la chiesa di S. Antonio da Padova, fu demolita insieme al monastero nel 1563. A questi eventi fece seguito una dura persecuzione dei croati cattolici romani in città. Dopo più di tre secoli di vessazioni nel 1862, su richiesta del Vescovo Fr. Rafa Barišić e per intercessione del suo amico, il famoso Omer-Pasha Latas, l'imperatore turco Abdul-Assiz donò il giardino di Ali-Pasha Rizvanbegović a Zahum, alla foce del il fiume Radobolja, per costruire una chiesa cattolica.
Con la posa della prima pietra il 7 marzo 1866 iniziò la costruzione della chiesa dei Santi Pietro e Paolo che durò sei anni. Il frate italiano Matteo Lorenzoni ne fu l'architetto. Sopra il portale principale, e sotto un grande rosone, è scritto:
DIO ONNIPOTENTE, IL CREATORE, SAN PIETRO E SAN PAOLO: QUESTA CHIESA È ERETTA GRAZIE ALLO ZAR DI CONSTANTINOPOLI CHE OFFRE DI SUA SPONTE QUESTO BEL POSTO PER COSTRUIRE. INOLTRE DONA CINQUANTA SACCHI PIENI DI DOBLONI MENTRE GENTE MORIBONDA DONA PICCOLE COSE. IL RESTO DELLE SPESE È STATO OFFERETO DA PAESI STRANIERI. CON I GRANDI SFORZI DAI FRATELLI FRANCESCANI ED IL VESCOVO. 1866. A. D.
La chiesa sopravvisse alla prima e alla seconda guerra mondiale, durante la quale fu bombardata. Nel 1987 i frati la restaurarono secondo i progetti originali. La notte del 9 maggio 1992, la JNA (Esercito Popolare Jugoslavo) diede fuoco alla chiesa e la demolì. Col cuore pesante, i frati rimossero le macerie e nello stesso posto costruirono una cripta nel 1995 e successivamente una nuova chiesa progettata dall'architetto Davor Smoljan. La costruzione della chiesa e del campanile alto 107,2 m è stata guidata dal frate guardiano P. Ivan Ševo. L'odierna chiesa è ancora in costruzione e l'interno è decorato con affreschi e mosaici dal famoso artista gesuita padre Ivan Marko Rupnik.
(Fra Ante Marić).